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重磅新品实现需求全覆盖,安捷伦走在二代测序样本质控最前沿

发布时间:2018-11-09

重磅新品实现需求全覆盖,安捷伦走在二代测序样本质控最前沿


原创: 安捷伦 DGG 团队  安捷伦视界




在上海慕尼黑生化展期间,一个即将面试的新核酸质控平台 Agilent 4150 TapeStation 的首次亮相引起了广泛关注。这不仅仅只是一台新仪器的面世,更标志着安捷伦紧跟基因检测行业“去集中化”的全球发展趋势,实现了对不同类型客户需求的全覆盖。


慕尼黑上海分析生化展关键词之——“去集中化”


随着二代测序技术的普及,全球都呈现出了“去集中化”的趋势,越来越多的中小规模实验室也开始开展二代测序工作。这些中小规模的实验室同样有自动化和标准化的需求,因此他们需要一款既能够满足他们中低通量,又能够实现自动化、标准化操作的平台。为此,安捷伦在 Agilent 4200 TapeStation 系统的基础上开发了 Agilent 4150 TapeStation 系统。





                                                                                                 安捷伦诊断与基因组学事业部合影


4150 系统继承 4200 的技术优势,一次可以自动化分析 1 到 16 个任意数量的样本,每个样本分析时间在 1 到 2 分钟;它使用与 4200 系统相同的预制胶条,保障了每个样本的检测成本恒定。与此同时,当未来用户样本量增加,可以无缝的迁移到 4200 系统上,两者由于使用相同的试剂盒,数据间具有很好的可比性。





                                                                安捷伦生物分子分析事业部在上海慕尼黑展会上对产品进行展示


除了应对“去集中化”趋势的新仪器,更有新应用

安捷伦在这一次慕尼黑的亮相,除了带来了这款中低通亮的仪器之外,是否有新的应用推出?答案是肯定的,本次同 4150 系统一同前来的还有游离核酸( cfDNA )的应用。游离核酸无论是在生殖健康还是在肿瘤的早期发现与诊断上都是一个热点的应用,然而游离核酸浓度低,且由于处理方法或提取方法的差异,游离核酸样本中可能含有较大的核酸片段比如说基因组 DNA 的污染,这些高分子量的物质会对后续二代测序的文库构建产生负面的影响,从而导致测试深度低。因此,我们需要一种检测方式,它既有极高的灵敏度,又能够对整个样本质量进行全面的评估。安捷伦本次在慕尼黑上推出的游离核酸应用就是为了满足这个领域的需求而开发的。


安捷伦这款游离核酸应用可以检测低至 50 皮克/微升的游离核酸,并一步完成对游离核酸的定量和片段分析,同时它还可以检测样本中高分子量 DNA 的污染。4150 系统自带的分析软件可以自动化的计算游离核酸的纯度,即游离核酸的百分比。每次检测仅需 2 微升的样本。安捷伦这一款游离核酸的分析不仅可以应用于二代测序,同时也适用于数字 PCR、定量 PCR,以及微阵列芯片的样本质控和 4200 系统。


“小身材”的全能型选手


在本次慕尼黑会议高通量测序论坛上,安捷伦生物分子分析事业部全球产品经理  Rainer Nitsche 就安捷伦核酸质控平台产品线进行了完整的介绍。分别展示了安捷伦 4150 和 4200 系统在基因组 DNA 、FFPE 样本、RNA 样本、以及游离核酸样本上的应用案例,充分展现安捷伦平台的全能性质优势。这里我们就来分享几个关于游离核酸质控的案例。





                           安捷伦生物分子分析事业部全球产品经理  Rainer Nitsche 正在向慕尼黑上海分析生化展的参会者介绍核酸质控平台产品线





                                                                                                           图 1. 游离核酸分析的典型结果


如图 1. 所示,主峰代表了约 170 bp 的单核小体;其他的 DNA 片段代表了核小体的多聚物;而大于 800 bp 的片段则代表了高分子量的 DNA。






                                                                                      图 2. 显示了不同纯度的游离核酸的检测结果


图 2.中的三个颜色分别代表各不同纯度的游离核酸,从电泳图中(右)可以看出,红色纯度最低。从峰图中(左)可以看出,红色的样本含有大量的分子量大于 800 bp 的高分子量 DNA 污染,这些高分子量的 DNA 片段会影响二代测序文库的制备(他们会与接头相结合,从而导致文库产量下降)。





                                              图 3. Agilent TapeStation 软件可自动分析游离核酸纯度


安捷伦的游离核酸检测方案,还可以自动分析游离核酸的纯度。在本实验中,我们预先将分析范围设定为 50 至 800 bp 的范围。游离核酸的百分比根据预设的范围自动计算。游离核酸的百分比可以用于评估样本的质量。图 3. 中显示的为高纯度的游离核酸,其游离核酸百分比占 96%。


安捷伦全球产品经理 Rainer Nitsche 在上海慕尼黑分析生化展现场接受媒体专访时还谈到:





                                               安捷伦生物分子分析事业部全球产品经理  Rainer Nitsche 接受媒体采访


“ 安捷伦的核酸质控产品现不仅适用于针对二代测序质量控制的应用,同时在生物样本库等应用领域也发挥了重要的质控作用。安捷伦未来将不断在硬件开发、应用开发上加大力度,推出更多更新的产品与应用。”

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